故事可说是融合了相当高度的宗教联想。西历2000年，巨型陨石坠落南极，引致天灾四起，世界人口因此锐减一半，称为第二次撞击(Second Impact)。事隔十五年，人类正值复兴之时，一种来历不明的巨大战斗生命体使徒(Angels)再度出现，不断向人类重镇第三新东京市进袭。人类迎击使徒的唯一希望，就是特务机关NERV开发的人型决战兵器福音战士(EVANGELION)，但能够胜任驾驶员的人选，就只有几个年仅十四岁的少年男女，他们用精神控制机器。在不断的战斗中，既有肉体上的伤痛，更有精神上的巨大折磨：个人与他人的关系，父与子、母与女的冲突，成长与逃避在战斗中，第二次撞击的真相也不断显现那并不是天灾，而是由人类引起的灾难。消灭最后一个使徒后，NERV的后台机关人类补完委员会(SEELE)为完成人类补完计划，消灭了NERV与EVANGELION，并引发第三次撞击。只有碇真嗣与明日香存活下来只要有生命，地球就会复原 　　 未来是什么，时空是什么？远古的回忆，是一种现实还是一种梦幻？人的来源在哪里？归宿又在何方？分离不安心的犹豫，不完整的东西